Nick Fury dice a Iron Man che non è l'unico eroe - Nel finale di Iron Man Nick Fury (Samuel L. Jackson), guida dello S.H.I.E.L.D., rivela a Tony Stark (Robert Downey jr.) che non è l'unico supereroe al mondo, aggiungendo che sarebbe diventato parte di un universo più grande. Una chiara mossa per introdurre gli Avengers, ma con un problema perché Tony Stark a quel punto era davvero l'unico supereroe che il mondo conoscesse. I Marvel Studios hanno risolto la discrepanza introducendo Captain America (Chris Evans) e Hank Pym / Ant-Man (Michael Douglas), che hanno entrambi operato come supereroi molto prima della nascita di Iron Man, anche se Fury non avrebbe potuto sapere che Steve Rogers sarebbe tornato in gioco. La soluzione più efficace a questo buco nella trama è arrivata con Captain Marvel: Fury aveva incontrato Carol Danvers (Brie Larson), l'ispiratrice di tutta l’iniziativa degli Avengers.

Il secondo Gauntlet in Thor - In Thor, ancora nella Fase 1 dell’MCU, si vede in una scena l'Infinity Gauntlet prima ancora che Thanos fosse mai apparso. Il guanto appare nella stanza delle armi di Odino (Anthony Hopkins) molto prima che l'esistenza delle Gemme dell'Infinito fosse confermata. Il buco è diventato più problematico nella scena post-credit di Avengers: Age of Ultron, dove vediamo Thanos (Josh Brolin) indossare il guanto di metallo nonostante non avesse alcun accesso al tesoro di Odino. I Marvel Studios hanno utilizzato allora Thor: Ragnarok di Taika Waititi per fornire una spiegazione che risolvesse la situazione: durante il suo viaggio nella stanza dei tesori di Odino, Hela (Cate Blanchett) nota lo stesso Guanto dell'Infinito mostrato in Thor e lo dichiara falso. Questo chiarisce dunque che Thanos aveva il vero Gauntlet avendo appunto costretto Eitri a costruirlo.

Il ponte Bifröst aggiustato - Alla fine di Thor, il ponte Bifröst, che collegava Asgard agli altri Nove Regni, fu distrutto dallo stesso Dio del Tuono nel tentativo di impedire a Loki (Tom Hiddleston) di distruggere completamente Jotunheim. I Visto che la strada "terrena" era stata interrotta, Marvel ha spiegato che Thor è riuscito ad arrivare sulla Terra usando l'energia oscura con l'aiuto di Odino. Alla fine dello stesso film, lui e Loki sono tornati ad Asgard usando il Tesseract / Space Stone. Ma in Thor: The Dark World, il Bifröst ha ricominciato a funzionare senza che si sapesse come. Questo problema è stato affrontato nel fumetto Thor: The Dark World Prelude che cerca di dare una spiegazione: Thor avrebbe usato il Tesseract per "lasciare che i fuochi di Bifröst brucino ancora una volta".

La scomparsa di Red Skull alla fine di Captain America - Il primo Vendicatore - Johann Schmidt era un ex capo dell'HYDRA ed è stato il primo antagonista di Steve Rogers nell'MCU. Si è trasformato nel Teschio Rosso dopo aver preso una versione imperfetta del Super Soldier Serum che lo ha deformato. Red Skull è misteriosamente scomparso dopo aver toccato il Tesseract a mani nude. Il mistero è risolto in Avengers: Infinity War: dopo il suo contatto con il Tesseract, Red Skull è stato trasportato a Vormir, il luogo segreto della Gemma dell'Anima, dov’è diventato il suo guardiano forzato per decenni.

Come la Gemma della Mente/Scettro di Loki è finito con l’HYDRA - Alla fine di Avengers, gli eroi hanno recuperato con successo il Tesseract e lo scettro di Loki, quindi si è fatta un po’ di confusione quando Avengers: Age of Ultron ha aperto con un'altra missione in cui dovevano recuperare lo stesso scettro. Dopo la battaglia di New York, era caduto nelle mani di alcuni agenti dell'HYDRA guidati da Wolfgang von Strucker (Thomas Kretschmann), ma il film non ha avuto il tempo di spiegare come. Finalmente Avengers: Endgame dà la risposta completa. Dopo la sconfitta di Loki, l'HYDRA ha recuperato lo scettro attraverso finti agenti dello SHIELD. I Vendicatori, fidandosi, avevano consegnato loro la Pietra dell'Infinito.

Perché Thanos ha dato a Loki la Gemma della Mente - Il tentativo di Loki di prendere il controllo in The Avengers è avvenuto solo grazie all'aiuto di Thanos: oltre a prestargli il suo esercito di Chituari, il Titano Pazzo ha anche fornito a Loki la Gemma della Mente. Ma perché l’ha fatto, se la sua missione è quella di collezionare tutte le Gemme dell’Infinito? Marvel non ha fornito spiegazioni esplicite e, considerando che sia Loki che Thanos sono morti nella timeline principale dell'MCU, sarà difficile affrontare questo problema in futuro. Ecco perché Marvel ha scelto di riempire questo buco nella trama aggiornando semplicemente il profilo ufficiale dell'MCU di Loki. Sul sito della Marvel, infatti, è stato rivelato che in Avengers Loki era "dotato di uno scettro che fungeva da dispositivo di controllo mentale". Quello che non sapeva era che "anche lo Scettro lo stava influenzando, alimentando il suo odio per suo fratello Thor e gli abitanti della Terra".